Brain Lights up Mind

实现的代码如下： code.m % By - Galory Email - 996377370a@gmail.com % List of open inputs global sub type % My files are named as 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 type ={ '1' '2' '3' '4' '5' '6' '7' '8' '9' '10' }; for i=1:length( type ) sub = i; nrun = 1; % enter the number of runs here jobfile = { 'C:\Users\xuwhe\Desktop\pre_fmri\files\batch\code_job.m' }; jobs = repmat(jobfile, 1, nrun); inputs = cell(0, nrun); for crun = 1:nrun end spm( 'defaults' , 'fmri' ); spm_jobman( 'run' , jobs ,inputs{:}); end code_job.m %----------------------------------------------------------------------- % Job saved on 31-Jul-2018 16:26:14 by cfg_util (rev $Rev : 6460 $) % spm SPM - SPM12 (6906) % cfg_basicio BasicIO - Unknown %----------------------------------------------------------------------- global type sub inputpath=[ 'C:\Users\xuwhe\Desktop\pre_fmri\data_batch\1dicom\&

大鼠DTI数据分析流程 20180728 首先把数据分好类，我需要分析b0、fa和md文件，因此就提前分好类各自放在各自的文件夹内。 image.png 最好是每个文件夹内的文件命名有规律，像下图一样： image.png 这样方便后续的分析，省时省力。 第二步，找到一个标准点的大鼠，然后把其他所有的大鼠配准到这只大鼠上，得到对应的 .mat 文件，这一步因为文件命名好了，因此写了一个简单的python脚本来重复执行操作，代码如下： # 20180717 By galory #This code is processing rat's DTI data import os path = "/brain/zhanjunzhang/Desktop/galory/time1secondprocess/b0process/" files = os.listdir(path) # s= [] #cmd = os.system("flirt -in 101b0.gz -ref 104b0.gz -dof 12 -out 101to104 -omat 101to104.mat") for file in files: file1 = str(file) three_str = str(file1[ 0 ]+file1[ 1 ]+file1[ 2 ]) if file != '104b0.nii.gz' : # cmd print (file) os.system( "flirt -in %s -ref 104b0.nii.gz -dof 12 -out %sto104 -omat %s/%sto104.mat" %(file1,three_str,path,three_str)) # os.system('ls') # cmd = os.system("flirt -in 101b0.gz -ref 104b0.gz -dof 12 -out 101to104 -omat 101to104.mat")